生物顯微鏡的選擇，我們一般可以從目鏡的數目，光學部分，結構材料，光源等方面來考慮。

1.顯微鏡按使用目鏡的數目可分為單目、雙目和三目顯微鏡，一般用戶如果要求比較簡單，而且只是想要個便宜一點的顯微鏡，那就選用單目顯微鏡，一般單目顯微鏡比較適用于小學生，中學生，還有一些小診所使用，還有家長給孩子購買，用的比較多，價格比較實惠。

2.光學部分：顯微鏡質量的核心就是其光學部分，也就是目鏡和物鏡部分。對于物鏡來說，一般可以分為幾個級別。首先是消色差物鏡，使用這種物鏡，不是成像所有的地方都清晰，只有視野百分之60左右的范圍清晰，外周百分之40部分會存在一定的缺陷。通常我們會把觀察部分放在視野中，所以并不影響觀察。但是如果你想要視野沒有缺陷的話，就要用平場消色差物鏡，相對而言，這種的價格就會高很多，一般是用在醫療和科研方面。還有就是介于兩者之間的，也就是半平場消色差物鏡。學生用的顯微鏡選擇前面兩個級別就可以了。

3.結構材料：顯微鏡的使用壽命很長，有些可以達到10年以上，那么高質量的零部件和嚴密的裝配就成為其使用壽命的保證。因此，應選擇具有穩固結實鏡架的顯微鏡，材質選擇是合金的，可以減少變形。另外鏡頭應該是光學玻璃的，外表漆層應為光滑均勻的。還要確信你所購買的顯微鏡是按照有關通用標準生產的，這樣的話當你以后要買相關配件時候可以方便的購買到。

4.光源：顯微鏡的光源一般有三種：鎢絲燈、熒光燈、鹵素燈，鎢絲燈也就是白熾燈。這類燈的優點是價格便宜，能提供穩定光源，試試缺點是發出的光有明顯的黃色，會影響觀察，另外其產生的熱量太多，長時間觀察會對有些材料有影響。所以顯微鏡如果是鎢絲燈的價格就相對便宜一點，熒光燈可以提供類似太陽光的光源，產生的熱量也很少，而且同樣功率的熒光燈比白熾燈要亮很多，所以熒光燈會比較省電，價格方面就要貴一些，一般價格全家的1萬多，有的兩三萬，進口的就更貴了。鹵素燈可以提供很亮很白的光源，一般配在的顯微鏡上，價格會更加貴一些，所以對于高校來說，沒有必要選配。

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