數碼顯微鏡的主機架上開有多處照明光源燈殼、照像裝配、記錄裝配、電視發生器和光電元件的持續口。在這些持續口與成像光路系統之間不可能同時接通光路。照明光源發出的光束首先供應某一成像系統。例如供應落射光成像系統或供應透射光成像系統。也可供應可見光系統或供應紫外光系統。經由觀察校準物像之后，偶而需要轉向裝有黑白底片的照像暗盒，同時又轉向裝有彩色底片的照像暗盒。偶而也想顯微拍照的同時舉辦光密度掃描量。憑據這樣復雜的需要，現在數碼顯微鏡都有種種類型的光路轉換裝配。

數碼顯微鏡的光路轉換裝配可分為兩大類：

一種是數碼顯微鏡主機架內部裝配的光路轉換機構。

正置數碼顯微鏡主機架內下部有一反射鏡，從數碼顯微鏡基座外部側面的拉桿可拉出光路或推進光路。以這種方式將光源可用于透射光觀察，也可轉換光路用于落射光觀察。這個數碼顯微鏡主機架內物鏡轉換器上方也有一反射鏡。也用拉桿抽出或推進。用此反射鏡將光束用于觀察或用于顯微照像。照像暗盒能夠裝進主機架內部，它的雙筒歪斜式鏡筒下方持續著一張反射鏡。鏡簡向前面歪斜時光源供觀察，而將鏡筒向后旋轉180°角時反射鏡轉向照像暗盒光束，用于照像。

倒置數碼顯微鏡的主機架反面有可見光光源燈殼持續口和紫外光光源燈殼持續口。其主機架可用于透射光觀察，也可用于落射光觀察。所以在主機架內部后方有光路轉換裝配，將兩種光源和兩種用途之間舉辦光路轉換。

另一大類就是現代大型數碼顯微鏡的鏡簡頭內的光路轉換裝配。

這種鏡筒頭向下邊持續物鏡轉換器，向前面持續鏡簡，向上方持續種種接收器、記錄器等。用它右側的小拉桿拉出1-3檔，也可旋轉拉桿舉辦各向光路轉換。

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