1、生物顯微鏡的安放應選擇枯燥清潔的房間，以避免光學部件發霉、金屬部分生銹以及粘滿塵埃。顯微鏡使用結束后，即放回箱(柜)內，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操劑。

2、不要自行拆卸各部件；鏡筒要插上接目鏡或益上鐐苗蓋，避免塵埃從鏡筒上部進入；透鏡外表不要用手指碰觸或拭擦，如有塵埃，先用柔軟毛筆悄悄拂去，再用柔軟的清潔細布拭撩，也可用擦鏡紙蘸少量二甲苯或石油迷試擦，但注意不要在透鏡外表劃出條紋。如鏡片有輕度長霉，用擦繞紙擦不去時，可用棉簽蘸少量70乙醇與30乙迷混合液悄悄拭撩。

3、生物顯微鏡不可與腐蝕性酸類、堿類或揮發性強的化學藥品放在一同，以免被腐蝕，縮短使用年限。原則上，當調查含液體的標本時，一般都要蓋上蓋玻片；若液體中含有酸、堿等腐蝕性化學物質時，應把蓋玻片的四周用白臘或凡士林封住，然后調查。但由于進行中藥顯微鑒守時，常常要用這一類試劑，不可能都封固，因此要特別小心，避免液體流到載物臺上，更不要沾到物鏡上。

4、生物顯微鏡廠家不應在直射陽光下暴曬，也不要放在靠近爐子或暖氣的當地，以避免過劇的冷熱變化引起透鏡和機件的脫膠、變形或損壞。

5、清潔接物鏡只限于外外表。接物面被藥品污染后即用撩鏡紙蘸少量擦鏡液拭擦(不要用乙醇)；若背面須清潔時，可用柔軟毛筆拂拭，或用皮吸頭吸去塵埃。

6、轉動粗細調比鋁調焦時，動作要緩慢，不要壓碎蓋被片，以防接物鏡和集光器受控擊而損壞。

7、使用油鏡后，須將鏡頭上的香柏油拭探潔凈(可用擦鏡紙蘸少量二甲苯拭擦，但注怠二甲苯不能滲入鏡頭內部，不然二甲苯溶解透鏡之間的粘合劑，可使鏡片掉落)。

8、反光鏡鏡面要保護清潔，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光鏡的水銀掉落。

9、加機械部分不靈活，可用細綢布蘸二甲苯少鈞：拭去銹和油膩(不得用乙醇，因為這些溶劑會腐蝕油漆)，再用少量液體石服光滑；旋扭過緊不要強行扭動，以免損壞。

10、有時在生物顯微鏡的視界中發現有污點或異物，可先轉動目鏡，假如這些污點跟著旋轉，則可確定污點是在目鏡上；不然，可移動標本片，如污點跟著移動，則污點是在標本片上。假如兩者都不是，則污點是在物鏡上，可先撿食物鏡的前鏡頭，然后檢查后鏡頭。根據不問狀況進行清潔處理。有時視界的一部分不清晰，這可能是物鏡或目鏡的前透鏡外表有指印或塵埃，也可能是標本片做得不好或顯微鏡用法不妥，如照明系統末調好等原因，應查明狀況，別離處理。

11、生物顯微鏡用畢后，應將各部分擦拭潔凈，格接物鏡轉成八字形，然后將鏡筒和集光器下降固定，再將反光鏡的鏡面置筆直的位置。